腐植酸类物质的组成元素成份和生物炭类似，也是C、H、O、N、S等元素组成，其中含碳率也较高，有的可达到60%以上。应该说，腐植酸产品与生物炭均为富碳产物，这两类产品在功能上存在一定的相似性。如两类物质都存在一定的小分子有机碳，具有刺激作物生长的功能；两类物质都具有吸附缓冲性能，可以吸附养分、增加养分利用率等等。然而它们虽然元素成分相似，但两者组成结构上存在较大差异，由此导致的功能差异也很多。
首先，我们看，腐植酸不含有单质碳成分，不具有生物炭的支架碳的孔隙结构，其对养分、水分等的吸附作用是由其含碳化合物所决定的，这些就导致腐植酸化合物的稳定性较生物炭差。一方面，微生物可以通过生物作用分解这些腐植酸类的化合物，造成腐植酸在土壤中的损失；另一方面，土壤耕作、水肥的施用也会导致腐植酸的氧化分解。而生物炭的碳支架稳定性程度极高，可以在土壤中存续几百甚至上千年，从而能保证其对土壤修复效果的长期稳定。因此，在土壤中使用腐植酸物质往往在刺激作物生长上作用显 著，但在改良土壤、提高土壤有机质等改良土壤的长效性上要弱于生物炭。
另外，在矿质养分上两类产品也存在差异。由于腐植酸在生产过程中，一般采用碱溶酸析法进行提取，因此一些风化煤中的矿质元素并不能被碱溶出，纯品的腐植酸含有的矿质元素的含量较低；但生物炭完整的保留了所有植物中所含有的矿质元素，从而元素的丰富度上要高于腐植酸产品。因此，从产品性质上看，生物炭适于开发为基肥产品，长期稳定的大量施用，从而保证土壤的持续健康；而腐植酸类产品更适于作为肥料助剂与化肥产品共同配合使用，从而发挥其促进化肥肥效，刺激作物生长的作用。
另外，生物炭产品能长期促进土壤有机质的积累。这主要是由于生物炭支架碳的稳定性，以及其吸附其他有机物质的能力，从而能促进土壤中有机质的长期增加。而腐植酸产品稳定性较弱，虽然能短期促进土壤有机质的增加，但在中长期来说效果不显 著。特别是一些小分子的黄腐酸物质，由于其分子量小，更容易被微生物分解利用。因此在促进土壤有机质上更弱于生物炭产品。
